Μνημείο εμβληματικό για την πόλη του Ηρακλείου αποτελεί το βενετσιάνικο θαλάσσιο φρούριο στο άκρο του βορειοδυτικού λιμενοβραχίονα, γνωστό με την οθωμανική ονομασία Κούλες (Kule, «πύργος»), που αντικατέστησε το βενετσιάνικο Rocca ή Castello a Mare. Στη θέση του υπήρχε αρχικά το Castellum Communis των βενετικών πηγών, πιθανότατα πύργος-φάρος της ελληνιστικής και πρωτοβυζαντινής οχύρωσης του λιμένα, ο οποίος διατηρήθηκε από τους Βενετούς με περιορισμένες μετασκευές.

Η ανέγερση του νέου φρουρίου αποφασίστηκε το 1523, ώστε να ανταποκρίνεται στις απαιτήσεις της πυροβολικής και να προστατεύει αποτελεσματικά το λιμάνι και την παράκτια οχύρωση. Για τη δημιουργία της διευρυμένης κρηπίδας, πλοία φορτωμένα με βράχους και λίθους ποντίστηκαν στον πυθμένα. Το φρούριο έχει τετράπλευρη κάτοψη, με έντονη ημικυκλική προβολή στη νοτιοανατολική πλευρά. Η κύρια είσοδος ανοίγεται στη δυτική όψη, στο άκρο του βενετσιάνικου οχυρού μόλου.

Στο εσωτερικό αναπτύσσονται θολοσκέπαστοι χώροι για στρατωνισμό, φυλακές, δεξαμενές και αποθήκες. Οι δευτερεύουσες αίθουσες διέθεταν υπερυψωμένα ξύλινα δάπεδα και, κατά τόπους, μεσοπατώματα. Κανονιοθυρίδες διατρέχουν την περίμετρο του ισογείου. Μεγάλο κλιμακοστάσιο (1539) και κεκλιμένη δίοδος για την έλξη των κανονιών οδηγούν στο δώμα, το οποίο αρχικά διαμορφωνόταν ως ευρύ πλάτωμα με υπόσκαφες κανονιοθυρίδες, υπερυψωμένο διάδρομο κίνησης και ευθύγραμμο στηθαίο με cordone. Στη βόρεια πλευρά υψωνόταν ο πύργος του φάρου, ενώ στο φρούριο λειτουργούσαν χώροι διαμονής της φρουράς και των αξιωματικών, μύλος και φούρνος.

Σε τρεις όψεις δεσπόζει το ανάγλυφο έμβλημα της Βενετίας, ο φτερωτός λέοντας του Αγίου Μάρκου. Το παλαιότερο εντοιχίστηκε το 1533 πάνω από την κεντρική πύλη της δυτικής όψης, συνοδευόμενο από επιγραφή με τα ονόματα του δόγη Andrea Gritti και ανώτατων αξιωματούχων. Tην ίδια περίπου εποχή τοποθετήθηκε το λιοντάρι της νότιας πλευράς, σήμερα ακέφαλο, ενώ το έμβλημα της βορειοανατολικής όψης, με τη μορφή του «Αιώνιου Πατέρα» στο αέτωμα, χρονολογείται στο 1534.

Το φρούριο υπέφερε διαρκώς από την καταστροφική μανία των κυμάτων, που υποχρέωνε τους Βενετούς σε διαδοχικές επισκευές ως την έναρξη της πολιορκίας, στη διάρκεια της οποίας ο αμυντικός του ρόλος γρήγορα εξουδετερώθηκε. Μετά την άλωση του Χάνδακα, οι Οθωμανοί προχώρησαν σε επισκευές, διαμόρφωσαν επάλξεις και μετέτρεψαν τον πύργο του φάρου σε μικρό τέμενος με μιναρέ. Το φρούριο ονομάστηκε «Μεγάλος Κούλες» ή Φρούριο του Νερού (Su Kulesi). Στην απόληξη του υπήνεμου μόλου κατασκευάστηκε ο «Μικρός Κούλες», ο οποίος κατεδαφίστηκε το 1936 κατά τη διαμόρφωση του σύγχρονου λιμένα.

Από τη δεκαετία του 1930 ξεκίνησαν νεότερες επεμβάσεις προστασίας και επανάχρησης του μνημείου, ενώ ολοκληρωμένη αποκατάσταση και ανάδειξή του πραγματοποιήθηκε από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Ηρακλείου την περίοδο 2011–2016.