Το λιμάνι του Χάνδακα υπήρξε ο εμπορικός πνεύμονας του νησιού, μέσω του οποίου άνθρωποι και προϊόντα διακινούνταν σε όλη την Ανατολική Μεσόγειο.
Οι Βενετοί από το 13ο μέχρι και το 16ο αιώνα αναβάθμισαν τις εγκαταστάσεις του λιμένα για την εξυπηρέτηση του εμπορίου και την επισκευή των πλοίων και ενίσχυσαν την προστασία του με την κατασκευή ενός επιθαλάσσιου φρουρίου στην είσοδό του.