Προκειμένου να ενισχύσουν την παράκτια ζώνη άμυνας δυτικά του λιμένα, οι Βενετοί κατασκεύασαν ένα νέο ευθύγραμμο τείχος, εξωτερικά του παλαιού, καθαιρώντας μερικώς τους παλαιούς ορθογώνιους πύργους και επιχωματώνοντας τα ενδιάμεσα κενά. Το νέο τείχος επεκτάθηκε δυτικά ως τον κόλπο Δερματά. Οι εργασίες επιχωμάτωσης πραγματοποιήθηκαν μεταξύ των ετών 1567 και 1570.
Ο λιμένας επικοινωνούσε με την πόλη μέσω της πύλης του Μόλου, που ανατινάχθηκε το 1898, της Πύλης του Προμαχώνα του Αγίου Ανδρέα που οδηγούσε στα δυτικά και αποτέλεσε το σημείο εισβολής των Οθωμανών το 1669, την Πύλη του Δερματά (μικρό τμήμα της διατηρείται κάτω από την παραλιακή λεωφόρο), την Πύλη των Νεωρίων, που κατεδαφίστηκε τη δεκαετία του 1930, και την Πύλη του προμαχώνα Sabbionara που είχε επιχωματωθεί και αναδείχθηκε το 2014