Μετά την ανακατάληψη της Κρήτης από τους Βυζαντινούς, ορισμένα τμήματα της οχύρωσης κατεδαφίστηκαν με εντολή του Νικηφόρου Φωκά, προκειμένου η αμυντική της λειτουργία να εξουδετερωθεί. Το μεγαλύτερο τμήμα της ωστόσο φαίνεται να έμεινε άθικτο και λείψανά της διατηρούνται μέχρι σήμερα, ενσωματωμένα σε μεταγενέστερες φάσεις. Η αμυντική ανεπάρκεια της παλαιάς οχύρωσης διευκόλυνε πιθανότατα την κατάληψη του Χάνδακα από τους Γενουάτες το 1206. Έτσι μετά την κατάληψη του Χάνδακα οι Βενετοί την επισκεύασαν. Ακολουθώντας την βορινή ακτογραμμή η οχύρωση αγκάλιαζε τις εγκαταστάσεις του λιμένα, ο οποίος επικοινωνούσε με την πόλη μέσω της πύλης του Μόλου. Το ανατολικό της μέτωπο ακολουθούσε το φρύδι του βραχώδους εξάρματος που οριοθετούσε την πόλη κατά μήκος της σημερινής οδού Δουκός Μποφώρ και στην συνέχεια στρεφόταν προς τα δυτικά διαμορφώνοντας την γνωστή από τις βυζαντινές πηγές Ωραία Πύλη (Porta Aurea). Στο μέσον του νότιου μετώπου, που ακολουθούσε τις σημερινές οδούς Δαιδάλου και Χάνδακος, ανοιγόταν η κύρια πύλη, η Πύλη του Φόρου ή του Κάστρου, πλαισιωμένη από δύο τετράπλευρους πύργους. Η οχύρωση ήταν ενισχυμένη ανά αποστάσεις με τετράγωνους πύργους. Εξωτερικά της οχύρωσης υπήρχε τάφρος. Τα τείχη αυτά, που απεικονίζονται σε χάρτες του 15^ου αιώνα, κάλυπταν αμυντικά τις ανάγκες της πόλης ως την εφεύρεση των πυροβόλων όπλων.