Λείψανα του φημισμένου ναού του Χριστού Κεφαλά, που αποτέλεσε έδρα της αδελφότητας των ναυτικών, εντοπίστηκαν ενσωματωμένα σε κτήριο του τέλους του 19^ου αιώνα στη συμβολή των οδών Περδικάρη, Κοραή και Μιλάτου. Αν και αναφέρεται για πρώτη φορά το 1307, ο ναός πιθανότατα υπήρχε από τη βυζαντινή περίοδο. Κατά την ανακαίνισή του στις αρχές του 17^ου αιώνα κοσμήθηκε με μαρμάρινο αναγεννησιακό θύρωμα, έργο του φημισμένου γλύπτη Θωμά Μπενέτου, που εργάστηκε στο Δουκικό Ανάκτορο και την Κρήνη του Μοροζίνι. Μετά την άλωση του Χάνδακα τα κειμήλια του ναού μεταφέρθηκαν στα Επτάνησα.