Ο μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός του Αγίου Ματθαίου χρονολογείται από επιγραφή στα 1600 και είναι ο αρχαιότερος από ένα σύμπλεγμα τριών ναών, που οικοδομήθηκαν διαδοχικά. Μετά την άλωση, αγοράστηκε από το Μεγάλο Διερμηνέα της Υψηλής Πύλης Παναγιωτάκη Νικούσιο και παραχωρήθηκε στη Μονή Σινά. Επί δεκαετίες ήταν ο μόνος ορθόδοξος ναός που λειτουργούσε στον Χάνδακα. Σήμερα φιλοξενεί συλλογή εικόνων της Κρητικής Σχολής, μεταξύ των οποίων και δύο ανυπόγραφες εικόνες του Μιχαήλ Δαμασκηνού.