Μια από τις σημαντικότερες εκκλησίες του Χάνδακα, η Παναγία η Τριμάρτυρη, ανεγέρθηκε στο διάστημα 1578 – 1583 έξω από τα παλαιά τείχη, στη σημερινή οδό 1866, και αποτέλεσε την έδρα της ομώνυμης ορθόδοξης αδελφότητας με μέλη από εύπορες οικογένειες της πόλης. Στους χάρτες της βενετοκρατίας αποτυπώνεται ως τρίκλιτη βασιλική. Στο εσωτερικό της υπήρχαν ταφικά μνημεία σημαντικών κρητικών οικογενειών και αξιόλογα έργα τέχνης, όπως εικόνες του Μιχαήλ Δαμασκηνού και του Ιερεμία Παλλαδά. Πολλά από τα κειμήλια αυτά μεταφέρθηκαν στην Κέρκυρα μετά την άλωση του Χάνδακα, όταν ο ναός μετατράπηκε σε τζαμί. Αποσπασματικά λείψανα του ναού και του τζαμιού εντοπίστηκαν σε πρόσφατες έρευνες.