Ο παλαιός ναός του Αγίου Μηνά, βορειοδυτικά του ομώνυμου μητροπολιτικού ναού, είναι δίκλιτος, με το βόρειο κλίτος αφιερωμένο στον Άγιο Μηνά και το νότιο στην Υπαπαντή. Σύμφωνα με χάρτες και εκκλησιαστικούς καταλόγους του 17ου αι., ο ναός αρχικά ήταν μονόχωρος, αφιερωμένος στην Παναγία Παντάνασσα, ενώ προς τα τέλη της Βενετοκρατία αφιερώθηκε και στον Άγιο Μηνά. Στην περίοδο της Βενετοκρατίας ανήκει το βόρειο κλίτος, που διατηρεί γοτθικά χαρακτηριστικά, ενώ το νότιο προστέθηκε το 1735 προκειμένου ο ναός να στεγάσει την επισκοπική έδρα. Το ξυλόγλυπτο τέμπλο αποτελεί εξαίρετο δείγμα εκκλησιαστικής ξυλογλυπτικής του 18ου αιώνα, ενώ στο εσωτερικό του διατηρούνται εικόνες σημαντικών Κρητών αγιογράφων της ίδιας εποχής.