Από τους απλούς ενοριακούς ναούς του καθολικού δόγματος που υπήρχαν στον Χάνδακα δεν σώθηκε κανένας ακέραιος. Λείψανα κάποιων εξ αυτών έρχονται στο φως από τις ανασκαφές, ανιχνεύονται ενσωματωμένα σε μεταγενέστερα κτήρια ή αποτυπώνονται στο φωτογραφικό φακό του Giuseppe Gerola. Το ίδιο ισχύει για τους περισσότερους από τους ναούς των καθολικών μοναστηριών. Η δουκική εκκλησία του Αγίου Μάρκου, παρά τις περιπέτειες που γνώρισε στη μακραίωνη ιστορία της, αποτελεί ίσως το καλύτερα διατηρημένο εκκλησιαστικό μνημείο της Βενετοκρατίας στο Ηράκλειο.