O ναός της Παναγίας των Αγγέλων, ο σημαντικότερος ίσως ορθόδοξος ναός και έδρα του Πρωτόπαπα του Χάνδακα, βρισκόταν έξω και νοτιοδυτικά της πύλης Voltone. Ανεγέρθηκε πριν από το 1320 και επισκευάστηκε πριν από το 1410. Στα 1421 ο δυτικός τοίχος του κοσμήθηκε με τοιχογραφία της Δευτέρας Παρουσίας από τον διάσημο αγιογράφο Άγγελο Απόκαυκο. Μετά την άλωση χωρίστηκε σε καταστήματα από το μίσθιο των οποίων συντηρούνταν το τζαμί του Ζουλφικιάρ Αγά (Αγία Αικατερίνη). Σήμερα διατηρούνται τμήματα του καμαροσκέπαστου βόρειου κλίτους και ένα οξυκόρυφο περιθύρωμα στο εσωτερικό καταστημάτων.