Στην ανατολική πλευρά της Πλατείας των Αρχόντων (Piazza dei Signori, σήμερα Πλατεία Καλλεργών) διατηρείται η τρίκλιτη ξυλόστεγη βασιλική του Αγίου Μάρκου, που κάλυπτε τις λατρευτικές ανάγκες του Δούκα και των Βενετών αξιωματούχων και αποτελούσε τόπο ταφής τους. Το αρχικό κτήριο, που ανεγέρθηκε το 1239, ανακατασκευάστηκε μετά τον σεισμό του 1303/4 και επισκευάστηκε αρκετές φορές. Το πυργοειδές κωδωνοστάσιο στη νότια πλευρά του, που τον καιρό της πολιορκίας αποκαλούνταν «Καμπάνα του συναγερμού», κατεδαφίστηκε εν μέρει όταν ο ναός μετατράπηκε σε τέμενος. Μετά την απελευθέρωση, το κτήριο φιλοξένησε τον κινηματογράφο «Μινώα» και την περίοδο της κατοχής μετατράπηκε σε αποθήκη σιτηρών. Η αποκατάστασή του στη μορφή που έχει σήμερα έγινε από την Εταιρεία Κρητικών Ιστορικών Μελετών το 1956. Κίονες από γκριζοπράσινο γρανίτη, πάνω σε ψηλά βάθρα με γύψινη διακόσμηση φύλλων άκανθας, και λιτά κιονόκρανα στηρίζουν τον φωταγωγό που διατρυπάται από οξυκόρυφα παράθυρα. Ο υπερυψωμένος χώρος του ιερού απολήγει ανατολικά σε ευθύγραμμο τοίχο. Από τους έξι κίονες του ανοιχτού προστώου μόνο δύο είναι αυθεντικοί και από τα κιονόκρανα που τους επιστέφουν μόνο το νοτιότερο.