Ἡράκλειον ἱερόν (ή όχι)
Από τις 29 αρχαίες πόλεις που έλαβαν το όνομά τους από τον Ηρακλή, μόνο η πόλη της Κρήτης αποκαλούνταν Ἡράκλειον. Οι υπόλοιπες ονομάστηκαν Ηράκλεια, γεγονός που ίσως παρέσυρε τον Πλίνιο όταν κατέγραψε την πόλη ως Heraclea. Όπως μάλιστα υποστηρίζει ο Άγγελος Χανιώτης, το τοπωνύμιο πρέπει να προέρχεται από τη φράση τὸ Ἡράκλειον ἱερόν, κατά συνέπεια το Ἡράκλειον ήταν αρχικά ένα ιερό αφιερωμένο στον Ηρακλή, είτε τον ήρωα της Ελληνικής μυθολογίας είτε τον ομώνυμο Ιδαίο Δάκτυλο, γύρω από το οποίο αναπτύχθηκε σταδιακά μια κοινότητα εξαρτημένη από την Κνωσό. Οι περισσότερες από τις πόλεις που ήταν αφιερωμένες στον Ηρακλή βρίσκονταν στις ακτές της Μεσογείου και αποτελούσαν σταθμούς του δια θαλάσσης εμπορίου που ίσως αντανακλούν τα μυθικά ταξίδια του ήρωα.
Η λατρεία του Ηρακλή μπορεί να έφτασε στο Ηράκλειο, επίσης σημαντικό εμπορικό λιμάνι, μέσω του Άργους, πόλης καταγωγής του ήρωα, που φαίνεται ότι ασκούσε σημαντική επιρροή, υπό τη μορφή μητρόπολης, στην γειτονική Κνωσό στη διάρκεια του 5ου και 4ου αιώνα π.Χ. Ωστόσο η ίδρυση του ιερού δεν μπορεί να προηγήθηκε από την ίδρυση του οικισμού, καθώς αυτός, σύμφωνα με τα νεότερα ανασκαφικά στοιχεία, φαίνεται να υπήρχε από τους μινωικούς χρόνους.