Τα Θρησκευτικά Μνημεία

Το 1669 μετά την άλωση του Χάνδακα και την τελετή παράδοσης των κλειδιών της πόλης,  οι οθωμανικές αρχές, αξιωματούχοι και απλοί στρατιώτες εγκαταστάθηκαν άμεσα στην πόλη. Με την συρροή των μουσουλμάνων, στην οθωμανική πλέον Καντιγιέ, η πόλη είχε ανάγκη από λατρευτικούς χώρους, τζαμιά, που επιπλέον συμβόλιζαν τον «εξοθωμανισμό» της πρώην χριστιανικής πόλης. Για να καλυφθεί αυτή η ανάγκη ακολούθησε η μετατροπή των ορθόδοξων και καθολικών ναών σε μουσουλμανικά τεμένη.

Ο ναός του αγίου Φραγκίσκου που δέσποζε πάνω σε ύψωμα στο ανατολικό όριο της πόλης, λόγω της θέσης του αλλά και του μεγέθους του, μετατράπηκε σε αυτοκρατορικό τέμενος του σουλτάνου Μεχμέτ Δ’. Στον ναό του αγίου Πέτρου των Δομινικανών, που αντίστοιχα δέσποζε στο παράκτιο μέτωπο της πόλης, μεταφέρθηκε από το αντικάστρο της Φορτέτσας, το σουλτανικό τέμενος του Σουλτάν Ιμπραχήμ, επί των ημερών του οποίου είχε αρχίσει ο Κρητικός Πόλεμος. Ο ναός του Σωτήρα των Αυγουστινιανών μετατράπηκε σε τέμενος της βασιλομήτορος (βαλιδέ) Σουλτάνας, ο άγιος Τίτος σε τέμενος αφιερωμένο στον κατακτητή της πόλης, Φαζίλ Αχμέτ Κιοπρουλή (Βεζίρ Τζαμί) και ο γειτονικός άγιος Μάρκος σε τέμενος «του Ντεφτερντάρη Αχμέτ Πασά, του «Υπουργού Οικονομικών» της Αυτοκρατορίας που συνόδευε τον μεγάλο βεζίρη στην Κρήτη.

Τζαμιά, επίσης, ιδρύθηκαν στο κέντρο της πόλης από τους μεγάλους στρατηγούς και τους υψηλόβαθμους αξιωματούχους που ήταν επικεφαλής της εκστρατείας κατάκτησης.

Οι Οθωμανοί δεν προχώρησαν σε μεγάλες επεμβάσεις και αλλοιώσεις στα χριστιανικά μνημεία, παρά μόνο σε εκείνες  που ήταν απαραίτητες για την μετατροπή ενός χριστιανικού ναού σε τζαμί. Η μετατροπή ενός ναού σε τζαμί γινόταν με την κατασκευή του μιχράμπ, μιας μικρής κοιλότητας στον τοίχο που έδειχνε την κατεύθυνση προς την Μέκκα, την τοποθέτηση του μινμπέρ (άμβωνα), στα δεξιά του μιχράμπ, την κάλυψη των τοιχογραφιών και την κατασκευή μιναρέ, συνήθως στην θέση του κωδωνοστασίου. Πλάι σε πολλά τζαμιά κτίστηκαν σχολεία, ιεροδιδασκαλεία, δημόσια λουτρά, κρήνες και πτωχοκομεία. Εκτός από τα μεγάλα τζαμιά υπήρχαν και τα μικρότερα συνοικιακά τεμένη, τα μετζίτια. Οι Οθωμανοί έκτισαν εκ θεμελίων μόνο δύο νέα τεμένη, το τέμενος της κατάκτησης (Φετιχιέ τζαμισί) και το Γενί (καινούργιο) τζαμί το 1700.

Ένας μεγάλος αριθμός μικρών εκκλησιών, όπως η Παναγία η Φανερωμένη στο Martinengo, μετατράπηκαν σε ευκτήριους οίκους (μεστζίτ) και μοναστήρια – τεκέδες από μουσουλμάνους ιερωμένους. Tεκέδες ιδρύθηκαν από διάφορα δερβίσικα τάγματα, η δράση των οποίων συνέβαλε σημαντικά στον εξισλαμισμό του ντόπιου πληθυσμού.  Ο πιο σημαντικός ήταν ο τεκές του Horasanli Ali Baba που άνηκε στο τάγμα των μπεκτασήδων και διατηρείται ακόμη στην συνοικία Νέα Αλάτσατα. Γνωστός είναι επίσης ο τεκές του Ali Dede που βρισκόταν στην δυτική πύλη, Karanlik Kapi (Πύλη Βηθλεέμ) και ο τεκές των Üҫ Er, γνωστός ως Οτσλέρια.