Η Τύχη των Θρησκευτικών Μνημείων
Παρά την προσπάθεια που καταβλήθηκε για τη διάσωση των βενετικών εκκλησιαστικών μνημείων μέσω του χαρακτηρισμού τους ως διατηρητέων, με το Βασιλικό Διάταγμα του 1947, μεγάλος αριθμός από αυτά κατεδαφίστηκε στις δεκαετίες που ακολούθησαν.
Αν και πολύ περισσότερες σε αριθμό από τις καθολικές, οι ορθόδοξες εκκλησίες είχαν ανάλογη τύχη. Οι περισσότερες έχουν καταστραφεί, τα λείψανα ορισμένων έχουν εγκλωβιστεί σε νεότερες κατασκευές, ενώ κάποιες — αφού μετατράπηκαν σε τζαμιά — παραχωρήθηκαν σε ιδιώτες και διατηρούνται σε ερειπιώδη κατάσταση· άλλες δέχθηκαν ασύμβατες χρήσεις, και ελάχιστες εξακολουθούν να λειτουργούνται.
Η ανάγκη προστασίας όσων μνημείων απέμεναν οδήγησε, το 2012, στην οριοθέτηση του προστατευόμενου αρχαιολογικού χώρου της πόλης του Ηρακλείου, με νέα κήρυξη που περιέλαβε ολόκληρη την εντός των τειχών πόλη, καθώς και τα πρώτα οικοδομικά τετράγωνα περιμετρικά της τάφρου. Έκτοτε, οι κατεδαφίσεις και οι επεμβάσεις στον ιστορικό ιστό της πόλης ελέγχονται πλέον με την πιστή εφαρμογή των διαδικασιών που προβλέπει η αρχαιολογική νομοθεσία. Από την έρευνα των τελευταίων ετών έχουν αποκαλυφθεί και άγνωστα στο παρελθόν λείψανα μνημείων.