Από τα κτήρια της περιόδου της Βενετικής κυριαρχίας ελάχιστα έχουν σωθεί. Ένα μεγάλο μέρος χάθηκε λόγω των πολυάριθμων σεισμικών καταστροφών, των ανακαινίσεων, αλλά και των εκτεταμένων αναδιαμορφώσεων κατά την ανέγερση της μεγάλης οχύρωσης του 16ου αιώνα. Η αλλοίωση του πολεοδομικού ιστού της Βενετοκρατίας ξεκίνησε ήδη με την οθωμανική κατάκτηση το 1669. Προσθήκες και επισκευές που σχετίζονταν με τις νέες αμυντικές, διοικητικές, θρησκευτικές και οικιστικές ανάγκες, νέες σεισμικές καταστροφές και η μεγάλη πυρκαγιά στις 25 Αυγούστου 1898 είχαν ως αποτέλεσμα μικρό τμήμα κτηρίων της βενετσιάνικης πόλης να επιβιώσει ως τις αρχές του 20ού αιώνα. Η τελική ωστόσο καταστροφή πραγματοποιήθηκε κατά τις δεκαετίες που ακολούθησαν, καθώς η άναρχη αστική ανάπτυξη, οι παρεμβάσεις στον αστικό ιστό για τη διάνοιξη νέων δρόμων και τη διαμόρφωση κοινόχρηστων χώρων, η ραγδαία ανοικοδόμηση, αλλά και η δυσκολία αποδοχής της μνημειακής αξίας κτισμάτων που στη συνείδηση του πληθυσμού είχαν συνδεθεί με την παρουσία κατακτητών, είχαν ως αποτέλεσμα την καταστροφή ενός σημαντικού μέρους από τα εναπομείναντα κτίσματα.

Παρά τους ανηλεείς κανονιοβολισμούς στη διάρκεια της εικοσαετούς πολιορκίας, η οχύρωση του Χάνδακα επιβίωσε ως τους νεότερους χρόνους σχεδόν αλώβητη, ωστόσο από τις αρχές του 20ού αιώνα άρχισε να αντιμετωπίζεται ως εμπόδιο για την πολεοδομική ανάπτυξη της σύγχρονης πόλης. Η ανάγκη διέλευσης τροχοφόρων προς τις εκτός των τειχών περιοχές οδήγησε σε καθαιρέσεις τμημάτων κοντά στις πύλες Παντοκράτορα (Χανιώπορτα), Αγίου Ανδρέα (λεωφόρος Σοφοκλή Βενιζέλου) και Ιησού (Καινούρια Πόρτα), στον ημιπρομαχώνα του Αγίου Φραγκίσκου (λεωφόρος Ικάρου), στο ευθύγραμμο τμήμα μεταξύ των προμαχώνων Martninengo και Βηθλεέμ (Κομμένο Μπεντένι) και στο παραλιακό μέτωπο (λεωφ. Δουκός Μποφώρ).

Παράλληλα, το σχέδιο πόλης του 1936, που ευτυχώς είχε περιορισμένη εφαρμογή, αλλοίωνε πλήρως τον σωζόμενο μεσαιωνικό πολεοδομικό ιστό, εξαφάνιζε το ιστορικό κέντρο της πόλης και υποβάθμιζε τα μνημεία. Κατ’ εφαρμογήν του σχεδίου, το χωμάτινο πρανές του τείχους αποκόπηκε σε διάφορα σημεία, έγιναν επιχωματώσεις για τη διαμόρφωση λεωφόρων, ενώ ελεύθεροι χώροι σ’ επαφή με τα πρανή της οχύρωσης μετατράπηκαν σε οικοδομικά τετράγωνα στερώντας ζωτικό χώρο από το μνημείο. Η τάφρος μπροστά στον προμαχώνα Vitturi επιχωματώθηκε και στη θέση της διαμορφώθηκε το πάρκο Γεωργιάδη και τμήμα της Λεωφόρου Δημοκρατίας. Στις αρχές της δεκαετίας του 1930, η ζώνη του λιμένα δέχτηκε εκτεταμένες επεμβάσεις για τη διαμόρφωση παραλιακής λεωφόρου και νέας προβλήτας με συνέπεια να καταστραφεί το μεγαλύτερο μέρος των νεωρίων με την ομώνυμη πύλη και ο λεγόμενος «Μικρός Κούλες» στο άκρο του νότιου λιμενοβραχίονα. Σταδιακά, ελεύθεροι χώροι στο ισόπεδο τμήμα των τειχών και τους προμαχώνες καταλήφθηκαν ή εκποιήθηκαν και γειτονιές αναπτύχθηκαν στη θέση των μικρών εξωτερικών οχυρών, που τελικά αποχαρακτηρίστηκαν. Επιβίωσε εν μέρει μόνο το μεγάλο οχυρό του Αγίου Δημητρίου, πάνω στο οποίο αναπτύχθηκε η συνοικία της Αναλήψεως και εγκαταστάθηκε το Καπετανάκειο Γυμνάσιο. Στο εσωτερικό της τάφρου ανάμεσα στους προμαχώνες Βηθλεέμ και Παντοκράτορα εγκαταστάθηκε το Στάδιο Ελευθερίας. Στο ισόπεδο τμήμα του προμαχώνα Martinengo τοποθετήθηκαν εγκαταστάσεις ποδοσφαίρου και στον προμαχώνα και την τάφρο Sabbionara γήπεδα αντισφαίρισης.

Ανάλογη ήταν η τύχη των εκκλησιαστικών μνημείων. Παρά την προσπάθεια διάσωσής τους μέσω του χαρακτηρισμού τους ως διατηρητέων με το Βασιλικό Διάταγμα του 1947, μεγάλος αριθμός κατεδαφίστηκε στις δεκαετίες που ακολούθησαν, λείψανα κάποιωνείναι εγκλωβισμένα σε νεότερες κατασκευές, ενώ άλλα, αφού μετατράπηκαν σε οθωμανικά τζαμιά, παραχωρήθηκαν σε ιδιώτες και δέχτηκαν ασύμβατες χρήσεις ή διατηρούνται σε ερειπιώδη κατάσταση. Ελάχιστες από τις βενετσιάνικες εκκλησίες του Χάνδακα, καθολικές ή ορθόδοξες, εξακολουθούν να υπάρχουν και ακόμη λιγότερες να λειτουργούνται.