Οι προσπάθειες θεσμικής προστασίας των βενετικών μνημείων ξεκίνησαν το 1931 με το χαρακτηρισμό των λειψάνων της παλαιάς και νέας οχύρωσης μαζί με την τάφρο και τους εξωτερικούς προμαχώνες καθώς και της βενετικής Λέσχης (Loggia) ως διατηρητέων μνημείων. Μετά τις καταστροφές του πολέμου, το 1947, χαρακτηρίστηκαν επιπλέον ως μνημεία τα Νεώρια, τριάντα ναοί, τέσσερις οικίες, δυο υπόγειες δεξαμενές, και επτά κρήνες. Οι διοικητικές αυτές πράξεις δεν απέτρεψαν κατεδαφίσεις, όπως αυτή της Loggiaτο 1937.

Από τις αρχές του 20ού αιώνα η πόλη και η οχύρωση βρίσκονταν σε μόνιμη αντιπαλότητα, ως στο σημείο να προταθεί η κατεδάφισή της με σκοπό την οικοπεδοποίηση. Το τείχος σώθηκε τελικά χάρη στο μέγεθός του: η ισοπέδωσή του ήταν εξαιρετικά δαπανηρή. Εφορεία Αρχαιοτήτων αρμόδια για τα μεσαιωνικά και βενετικά μνημεία της Κρήτης ιδρύθηκε αργά, τη δεκαετία του 1960. Το 1965 ο Δήμος Ηρακλείου, του οποίου τα όρια συνέπιπταν σε γενικές γραμμές με την εξωτερική ζώνη οχύρωσης, χαρακτηρίστηκε ως αρχαιολογικός χώρος. Όμως κατά την περίοδο της στρατιωτικής δικτατορίας (1967-1974) σημαντικά μνημεία κατεδαφίστηκαν, με χαρακτηριστικότερο παράδειγμα το ναό του Σωτήρατο 1973.

Τελικά το 2012, σε μια προσπάθεια διάσωσης των μνημείων και των αρχαίων λειψάνων της πόλης που απέμειναν, καθορίστηκαν με σαφήνεια τα όρια προστασίας του αρχαιολογικού χώρου της πόλης, που περιλαμβάνει το τμήμα εντός των ενετικών τειχών και της τάφρου και μια ζώνη προστασίας πέριξ αυτής. Παράλληλα, το Υπουργείο Πολιτισμού και ο Δήμος Ηρακλείου καταβάλλουν από κοινού συστηματικές προσπάθειες για την συντήρηση, αποκατάσταση και ανάδειξη του μνημειακού αποθέματος της πόλης.