Η συρρίκνωση της έκτασης της πόλης στα ρωμαϊκά χρόνια δεν σηματοδοτεί αναγκαστικά την παρακμή της. Το ίδιο διαπιστώνεται και στην Κνωσό, παρά το γεγονός ότι η τελευταία είχε μετατραπεί σε ακμάζουσα ρωμαϊκή αποικία. Τα ερείπια μεγάλου ρωμαϊκού κτηρίου με ψηφιδωτά δάπεδα που ήρθαν στο φως στην κορυφή του λόφου βόρεια του Αρχαιολογικού Μουσείου ίσως ανήκουν σε δημόσιο κτήριο ή οικία, με μέτωπο σε δρόμο του πολεοδομικού ιστού της ρωμαϊκής πόλης που λόγω της συνεχιζόμενης κατοίκησης έχει αφήσει ελάχιστα ίχνη. Από ρωμαϊκό κτήριο επιβλητικών διαστάσεων πρέπει να προέρχεται το μεγάλο κορινθιακό κιονόκρανο που ενσωματώθηκε στην κατασκευή διπλού τόξου εντός του πρωτοβυζαντινού πύργου στο Μπεντενάκι. Υπάρχουν επίσης αναφορές για τον εντοπισμό ρωμαϊκών αρχιτεκτονικών μελών στο οικόπεδο του Δημοτικού Μεγάρου της οδού Ανδρόγεω, βόρεια της βασιλικής του Αγίου Μάρκου. Τέλος, ρωμαϊκά κιονόκρανα έχουν επαναχρησιμοποιηθεί στη βυζαντινή κινστέρνα κάτω από την πλατεία του Αγίου Τίτου.

Από τη δυτική νεκρόπολη έχουν έρθει μέχρι στιγμής στο φως ταφές κατά μήκος της  οδού 25^ης Αυγούστου, με πλούσια κτερίσματα όπως πήλινα και γυάλινα αγγεία, λύχνοι, ανάγλυφοι δίσκοι, ειδώλια, χάλκινα νομίσματα και ένα ενεπίγραφο ταφικό ανάγλυφο του 3^ου αιώνα μ.Χ. Ταφές έχουν επίσης εντοπιστεί έξω από το δυτικό σκέλος της αρχαίας οχύρωσης. Εντός της αρχαίας πόλης έχουν έρθει στο φως αρχιτεκτονικά γλυπτά σε δεύτερη ή τρίτη χρήση και μεγάλοι αποθέτες κεραμικής, ιδίως αμφορέων. Ο μεγάλος αριθμός αμφορέων αποτελεί ένδειξη ότι το λιμάνι του Ηρακλείου αξιοποιήθηκε από τους Ρωμαίους για την εξαγωγή προϊόντων, και ιδίως κρασιού, από την ενδοχώρα που τελούσε υπό τον έλεγχο της Κνωσού. Είναι άλλωστε γνωστές οι εμπορικές σχέσεις της Κνωσού με την Καμπανία. Η κυριαρχία της Κνωσού επί του εμπορικού της επινείου την περίοδο αυτή μαρτυρείται έμμεσα από επιγραφή του 1^ου αιώνα μ.Χ. που ήρθε στο φως στη θέση “Μπεντεβή Καμάρα”, πλάι στη λεωφόρο Κνωσού που σήμερα συνδέει την Κνωσό με το κέντρο του Ηρακλείου, και μνημονεύει την επισκευή του δρόμου που ανήκε στην Colonia Julia Nobilis Cnossus με πρωτοβουλία του τοπικού ανθυπάτου. Ένας τέτοιος λιθόστρωτος δρόμος με κατεύθυνση από τη Φορτέτσα προς το Ηράκλειο ήρθε πρόσφατα στο φως κατά τη διάρκεια σωστικής ανασκαφικής έρευνας στην περιοχή των Μεσαμπελιών, 500 περίπου μέτρα δυτικά της λεωφόρου Κνωσού.