Στη διάρκεια της ανασκαφικής έρευνας στο Μπεντενάκι, μέσα στην επίχωση της παράκτιας οχύρωσης του 16^ου αιώνα, ήρθε στο φως ένας τετράγωνος πύργος της παλαιότερης οχυρωματικής ζώνης. Ο πύργος, μετασκευασμένος τον 14^ο αιώνα σε εκκλησία που κατεδαφίστηκε για την κατασκευή του τείχους του 16^ου αιώνα, είχε δυο κατασκευαστικές φάσεις. Η κατώτερη, που έχει σήμερα επιχωθεί με εξαίρεση την ανώτερη σειρά, αποτελείται από σειρές μεγάλων λαξευτών λιθόπλινθων, χωρίς συνδετικό κονίαμα (εν ξηρώ). Το ἔμπλεκτον σύστημα δόμησης επιτρέπει τη χρονολόγηση της φάσης αυτής στους ελληνιστικούς χρόνους.  Πιο πάνω το αρχαίο οικοδομικό υλικό έχει κοπεί και επαναχρησιμοποιηθεί με διαφορετικό τρόπο για την ανακατασκευή της οχύρωσης, η οποία χρονολογήθηκε από τα ανασκαφικά στοιχεία στο τέλος της πρωτοβυζαντινής εποχής (7^ος-8^ος αιώνας μ.Χ.). Ο πύργος στο Μπεντενάκι ακουμπούσε σε τείχος, το οποίο κατευθυνόταν νοτιοδυτικά προς την οδό Χάνδακος.

Η ελληνιστική οχύρωση από λαξευτούς λιθόπλινθους εντοπίστηκε για πρώτη φορά το 1952 στη συμβολή των οδών Δαιδάλου και Βυζαντίου. Η αρχαία κατασκευή, που διατηρούνταν σε ύψος από μια ως επτά σειρές, διέτρεχε τη βάση ενός μεταγενέστερου τείχους από αργολιθοδομή με ορθογώνιους πύργους, που αποκαλύφθηκε σε μήκος 28 μέτρων, τεκμηριώνοντας ότι η μεταγενέστερη φάση της οχύρωσης, που σήμερα θεωρείται πρωτοβυζαντινή, εδράστηκε στα λείψανα της αρχαίας. Με την προς ανατολάς συνέχεια της αρχαίας οχύρωσης πρέπει να συνδεθεί τόσο το τείχος με έμπλεκτη δόμηση στο ανατολικό άκρο της οδού Δαιδάλου, όσο και αυτό που αποκαλύφθηκε κάτω από το ξενοδοχείο Αστόρια.

Ως όριο για τη χρονολόγηση της οχύρωσης πρέπει να θεωρηθεί το υστεροκλασικό – πρώιμο ελληνιστικό στρώμα πάνω στο οποίο εδραζόταν το αρχαίο τείχος στην οδό Δαιδάλου. Η οχύρωση κατά μήκος της οδού Δαιδάλου καθόριζε το νότιο όριο της πόλης κατά την ελληνιστική περίοδο, έξω από το οποίο εντοπίζονται μόνο ταφές. Αντίθετα, στο εσωτερικό της οχύρωσης, στην περιοχή δυτικά και βόρεια του Αρχαιολογικού Μουσείου, απαντούν αστικές χρήσεις, όπως αποθέτες κεραμικής και εργαστήρια.

Ο πύργος στο Μπεντενάκι και το τμήμα τείχους με κατεύθυνση προς την οδό Χάνδακος αποτελούν αδιάψευστο τεκμήριο ότι η ελληνιστική οχύρωση έφτανε ως το λιμάνι και πιθανότατα περιέκλειε το παράκτιο μέτωπο, συμπεριλαμβάνοντας το λιμένα και τους λιμενοβραχίονες, όπως συνέβαινε σε άλλα σημαντικά ελληνιστικά λιμάνια της Κρήτης (Φαλάσαρνα, Χερσόνησος). Την υπόθεση αυτή επιβεβαιώνει ο μεγάλος αριθμός λιθόπλινθων διαστάσεων όμοιων με αυτούς στο Μπεντενάκι στη βάση της παράκτιας οχύρωσης του 16^ου αιώνα, από την πλατεία 18 Άγγλων ως τον κόλπο του Δερματά, στη βάση του ενετικού φρουρίου Rocca a Mare (Κούλες), στα ύφαλα του προσήνεμου λιμενοβραχίονα, και στον κυματοθραύστη του υπήνεμου λιμενοβραχίονα που κατεδαφίστηκε μαζί με το μικρό Κούλε στις αρχές του 1930. Τέλος, κομμένοι στο ήμισυ λιθόπλινθοι έχουν χρησιμοποιηθεί στη δυτική και βόρεια όψη του προμαχώνα Sabbionara. Η ποσότητα του υλικού επιβεβαιώνει το μέγεθος και το μήκος της κατασκευής. Με βάση τα στοιχεία αυτά, η οχυρωμένη ελληνιστική πόλη του Ηρακλείου θα είχε έκταση περίπου 270.000 τ.μ., δηλαδή το ένα τέταρτο της έκτασης της ελληνιστικής Κνωσού.

Οι παλαιότερες, πλην όμως εμμένουσες απόψεις για την περιορισμένη έκταση της αρχαίας πόλης στηρίζονται στην εύρεση ρωμαϊκών ταφών του 3^ου κυρίως αιώνα μ.Χ. κατά μήκος της λεωφόρου 25^ης Αυγούστου. Έτσι τα όριά της πόλης προσδιορίστηκαν από την οδό Χάνδακος ως τη λεωφόρο 25^ης Αυγούστου.  Ωστόσο η θέση των ρωμαϊκών τάφων υποδηλώνει απλώς ότι η αρχαιότερη οχύρωση, αιώνες μετά την κατασκευή της, είχε καταστραφεί ή περιπέσει σε αχρηστία και το δυτικό όριο της πόλης είχε μετατοπιστεί.