Η συνέχιση της ανθρώπινης δραστηριότητας κατά τους κλασικούς  και ελληνιστικούς χρόνους τεκμηριώνεται προς το παρόν από ελάχιστα, πλην όμως αξιόλογα ευρήματα. Κατά τη διάρκεια σωστικής ανασκαφικής έρευνας στο ανατολικό άκρο της οδού Δαιδάλου βρέθηκε άφθονη κεραμική κλασικών και πρώιμων ελληνιστικών χρόνων και τέσσερις ταφές, εκ των οποίων μια του 3^ου αιώνα π.Χ. Πάνω στο ίδιο στρώμα και βόρεια των ταφών εδραζόταν η θεμελίωση τείχους, με αρχιτεκτονικά μέλη της κλασικής εποχής σε δεύτερη χρήση.

Στην περιοχή δυτικά του Αρχαιολογικού Μουσείου, όπου εκτεινόταν ο αρχαίος οικισμός έχουν κατά καιρούς εντοπιστεί όστρακα αττικών αγγείων, μεμονωμένα ή σε μεγάλους αποθέτες κεραμικής. Μεταξύ των οδών Ιδομενέως –Δαιδάλου – Μεραμπέλου εντοπίζεται η περιοχή δραστηριότητας των κεραμικών εργαστηρίων παραγωγής αμφορέων για εξαγωγή λαδιού και κρασιού. Στην πλατεία έναντι του ξενοδοχείου Εσπέρια μεταξύ των οδών Ιδομενέως – Μεραμπέλου – Αρετούσας αλλά και λίγο βορειότερα επί της οδού Ιδομενέως,  εντοπίστηκαν μεγάλοι αποθέτες κεραμικής, που περιλάμβαναν μεταξύ άλλων αττικά ερυθρόμορφα αγγεία. Στην οδό Μιλάτου 22, σε βάθος 4 μέτρων, βρέθηκε παχύτατο στρώμα σπασμένων αμφορέων, καμινεύματα, ίχνη κλιβάνου, και πλήθος αμφορέων, που συνηγορούν στην ύπαρξη εργαστηρίου παραγωγής. Έντυπες λαβές αμφορέων κρασιού από την έρευνα της επέκτασης του αρχαιολογικού Μουσείου διατηρούν επιγραφές με τα ονόματα εργαστηρίων και αγγειοπλαστών από την Ρόδο, την Θάσο και την Κω που χρονολογούνται στα 290-280 π.Χ.  και αποδεικνύουν ότι το εμπόριο του κρασιού άνθιζε, ιδιαίτερα μετά τα μέσα του 2ου αιώνα π.Χ. Στην έρευνα της επέκτασης του αρχαιολογικού Μουσείου αποκαλύφθηκαν επίσης πενιχρά οικοδομικά λείψανα ελληνιστικών χρόνων, χαρακτηριστική κεραμική της κατηγορίας της Δυτικής κλιτύος Ακροπόλεως καθώς και δύο ανάγλυφες προτομές σε λαβές αγγείων.  Έντυπη λαβή πήλινου αμφορέα κρασιού εντοπίστηκε και σε οικόπεδο της οδού Λοχαγού Μαρινέλη στο δυτικό τμήμα της πόλης κοντά στο παράκτιο μέτωπο. Θραύσματα αγγείων καθημερινής χρήσης της ελληνιστικής περιόδου εντοπίστηκαν τα τελευταία χρόνια σε διάφορες ανασκαφές του ιστορικού κέντρου, όπως σε οικόπεδο της Λοχαγού Μαρινέλλη, στην οδό Παπαγιαμαλή, στην οδό Κορωναίου, σε οικόπεδο της οδού Τσουδερών & Σουμερλή στην περιοχή της βίγλας και στα θεμέλια του κτιρίου της Βικελαίας βιβλιοθήκης. Στο παραλιακό μέτωπο, στον ναό του Αγίου Πέτρου των Δομινικακών, σε διερευνητικές δοκιμαστικές τομές εντοπίστηκε ελληνιστική κεραμική πάνω στο φυσικό έδαφος.

Νομισματικά η ελληνιστική περίοδος αντιπροσωπεύεται από 24 κοπές από την Κνωσό, Γόρτυνα, Λύττο, Αξό, Άπτερα, Ραύκο, Κυδωνία που καλύπτουν μια περίοδο από τον 3^ο μέχρι τον 1^ο αιώνα π.Χ. και μαρτυρούν τις εμπορικές σχέσεις του Ηρακλείου με άλλες κρητικές πόλεις.

Τα ευρήματα που εντοπίζονται νότια της πορείας της οχύρωσης είναι αποκλειστικά ταφικού χαρακτήρα. Μια επιτύμβια στήλη με σκηνή δεξίωσης, που χρονολογήθηκε στο τρίτο τέταρτο του 4ου αιώνα π.Χ. εντοπίστηκε το 1955 κατά την εκσκαφή θεμελίων του Ξενοδοχείου Αστόρια στην πλατεία Ελευθερίας. Στο ίδιο οικόπεδο το 1966 εντοπίστηκε τμήμα οχύρωσης πλάτους 2.00 μέτρων από λαξευτούς λιθόπλινθους στην προέκταση αυτής του οικοπέδου Ζουράρη. Από οικόπεδο κοντά στο προηγούμενο προήλθε το 1969 μαρμάρινη γυναικεία κεφαλή της ίδιας περιόδου. Τα αττικού ύφους γλυπτά αποδόθηκαν σε ντόπιους τεχνίτες που μαθήτευσαν σε εργαστήρια της Αθήνας. Την ίδια χρονιά, μια ταφή με ειδώλια της ελληνιστικής περιόδου και άλλα πλούσια κτερίσματα εντοπίστηκε στην οδό Έβανς 38. Πιο πρόσφατα στην ίδια περιοχή, στη συμβολή των οδών 1866 και Γιαννιτσών βρέθηκε ακόμη μια ελληνιστική ταφή, με μυροδοχεία και χρυσά ελάσματα. Η διασπορά των ταφικών ευρημάτων τεκμηριώνει ότι η ελληνιστική νότια νεκρόπολη του Ηρακλείου καταλάμβανε μια ζώνη πλάτους τουλάχιστον 200 μέτρων νότια της οδού Δαιδάλου, και εκτεινόταν σε μήκος τουλάχιστον 300 μέτρων, από την πλατεία Ελευθερίας ως την οδό Έβανς, ίσως και δυτικότερα. Το όριο μεταξύ της πόλης και της νεκρόπολης, φαίνεται να συμπίπτει με την πορεία της οχυρωματικής κατασκευής από λαξευτούς λιθόπλινθους που εντοπίστηκε στην οδό Δαιδάλου και την πλατεία Ελευθερίας.