Η τελευταία πράξη του κρητικού δράματος εκτυλίχθηκε τον Αύγουστο του 1898. Από την άνοιξη του ίδιου έτους, το νησί βρισκόταν υπό καθεστώς διεθνούς προστασίας, με τις Μεγάλες Δυνάμεις να υποκαθιστούν τις περισσότερες οθωμανικές δημόσιες υπηρεσίες.

Το αίσθημα ανασφάλειας που επικρατούσε στην Κρήτη, λόγω των συνεχών αιματηρών συγκρούσεων μεταξύ χριστιανών και μουσουλμάνων, είχε οδηγήσει μεγάλο μέρος του μουσουλμανικού πληθυσμού στις πόλεις, καθώς τα οθωμανικά στρατεύματα είχαν αποσυρθεί από την ενδοχώρα. Το 1898, από τους περίπου 60.000 μουσουλμάνους του Ηρακλείου, οι 40.000 ήταν «πρόσφυγες».

Οι Μεγάλες Δυνάμεις είχαν προγραμματίσει για τις 25 Αυγούστου την εγκατάσταση των υπαλλήλων του «Εκτελεστικού της Κρήτης» στα φορολογικά γραφεία του νησιού για τις 25 Αυγούστου. Η παράδοση των γραφείων από τους μουσουλμάνους στα Χανιά και το Ρέθυμνο πραγματοποιήθηκε με περιορισμένες αντιδράσεις. Στο Ηράκλειο, όμως, η διαδικασία, την οποία επέβλεπε τμήμα του αγγλικού στρατού, παρεμποδίστηκε από εξαγριωμένο όχλο.  Έντυπα που προορίζονταν για τη λειτουργία του νέου γραφείου ρίχτηκαν στη θάλασσα, ενώ σπίτια, καταστήματα και γραφεία στα κεντρικότερα σημεία της πόλης λεηλατήθηκαν και πυρπολήθηκαν, μεταξύ αυτών τα προξενεία ξένων χωρών. Στα θύματα της επίθεσης συγκαταλέγονταν ο υποπρόξενος της Αγγλίας Λυσίμαχος Καλοκαιρινός, δεκαεπτά Άγγλοι στρατιώτες και ο αξιωματικός τους, καθώς και πολυάριθμα μέλη του χριστιανικού πληθυσμού της πόλης, ανεξαρτήτως κοινωνικής θέσης, ηλικίας και φύλου.

Η σημερινή Λεωφόρος Μαρτύρων της 25^ης Αυγούστου, που έλαβε την ονομασία της σε ανάμνηση των γεγονότων, παραδόθηκε στις φλόγες και υπέστη εκτεταμένες καταστροφές.

Το απόγευμα, το βρετανικό πλοίο Hazard άρχισε να βομβαρδίζει τις μουσουλμανικές συνοικίες της πόλης, επιχειρώντας να περιορίσει τη βία. Ωστόσο, οι βιαιοπραγίες τερματίστηκαν μόνο με την άφιξη στο λιμάνι του στρατιωτικού διοικητή του Ηρακλείου, Εντέμ Πασά, οδήγησε στον τερματισμό των βιαιοπραγιών. Ο αριθμός των νεκρών δεν εξακριβώθηκε ποτέ, εκτιμάται όμως ότι ξεπέρασε τους διακόσιους.

Η επόμενη μέρα βρήκε το Ηράκλειο να έχει υποστεί εκτεταμένες καταστροφές σε κτίρια και υποδομές, ενώ το μεγαλύτερο μέρος του χριστιανικού πληθυσμού είχε καταφύγει στην ενδοχώρα. Τα γεγονότα επιτάχυναν τον τερματισμό της οθωμανικής κυριαρχίας στο νησί. Στις 9 Δεκεμβρίου 1898, ο πρίγκιπας Γεώργιος ανέλαβε καθήκοντα Ύπατου Αρμοστή της Κρήτης, υπό την ευλογία των Μεγάλων Δυνάμεων.