Αυτό που δεν επέτρεψε η διπλωματία επί σειρά ετών, το επέτρεψε ο πόλεμος. Με το ξέσπασμα των Βαλκανικών Πολέμων τον Οκτώβριο του 1912, οι πύλες του Εθνικού Κοινοβουλίου άνοιξαν για τους Κρήτες βουλευτές, οι οποίοι έγιναν δεκτοί με εκδηλώσεις πρωτοφανούς ενθουσιασμού.
Στις 14 Φεβρουαρίου 1913 οι σημαίες των Μεγάλων Δυνάμεων και της Οθωμανικής αυτοκρατορίας αφαιρέθηκαν από το φρούριο της Σούδας. Η επιτυχής έκβαση του πολέμου έφερε και την πολυπόθητη λύση του Κρητικού Ζητήματος. Με τη Συνθήκη του Λονδίνου (30 Μαΐου 1913) ο Σουλτάνος παραιτήθηκε από τα δικαιώματά του στην Κρήτη υπέρ των τεσσάρων χωρών του Βαλκανικού Συνδέσμου, καθώς εκκρεμούσε ο διακανονισμός μεταξύ των νικητών. Με τη Συνθήκη των Αθηνών (14 Νοεμβρίου 1913) μεταξύ Ελλάδας και Οθωμανικής Αυτοκρατορίας ο Σουλτάνος παραιτήθηκε από κάθε δικαίωμα επικυριαρχίας στην Κρήτη υπέρ της Ελλάδας. Η επίσημη ανακήρυξη της Ένωσης της Κρήτης με την Ελλάδα έγινε με την ανύψωση της ελληνικής σημαίας στο Φρούριο του Φιρκά Χανίων την 1η Δεκεμβρίου 1913, παρουσία του βασιλιά Κωνσταντίνου και του πρωθυπουργού Ελευθέριου Βενιζέλου.