Στις εκβολές του αρχαίου ποταμού Καιράτου, στο ανατολικό άκρο του κόλπου του Ηρακλείου και στο τμήμα της ακτής που ορίζεται δυτικά από τον βραχώδη λόφο της Τρυπητής στον Πόρο και ανατολικά από την μικρή χερσόνησο Μαντράκι στον Κατσαμπά εντοπίζεται μια μινωική εγκατάσταση έκτασης 350 περίπου στρεμμάτων, που χρονολογείται από την προανακτορική (3300/3100-2700 π.Χ.) ως την τελική ανακτορική περίοδο (1450-1350/1300 π.Χ.), ακολουθώντας τις φάσεις του ανακτόρου της Κνωσού, και περιλαμβάνει οικιστικά κατάλοιπα, εργαστηριακούς-βιοτεχνικούς χώρους και νεκροταφεία. Tο πλήθος των ευρημάτων και τα στοιχεία από επιφανειακές παρατηρήσεις, περισυλλογές και σωστικές ανασκαφές πιστοποιούν την παρουσία μιας εύρωστης και εκτεταμένης παράκτιας οικιστικής εγκατάστασης με έντονη εργαστηριακή δράση, που φαίνεται να σχετίζεται άμεσα με το ανάκτορο της Κνωσού. Η ανάπτυξη του οικισμού κατά την παλαιοανακτορική και νεοανακτορική περίοδο είναι ραγδαία, γεγονός που αποδεικνύεται από την επέκταση των ορίων του, τα καλοδιατηρημένα κτήρια, τον μεγάλο αριθμό των εργαστηρίων, τα εντυπωσιακά ευρήματα από τον οικισμό και τα ταφικά μνημεία. Σύμφωνα μάλιστα με τους ανασκαφείς, ο οικισμός, αν και αναπτύχθηκε παράλληλα με την Κνωσό, απολάμβανε μια σχετική αυτονομία.

Ο Louis Franchet ήταν ο πρώτος που υποστήριξε ότι η περιοχή του Πόρου – Κατσαμπά υπήρξε επίνειο της Κνωσού, άποψη με την οποία στη συνέχεια συμφώνησαν οι Iωσήφ Χατζηδάκης, Στέφανος Ξανθουδίδης, Αrthur Evans,  Σπυρίδων Μαρινάτος και Richard Seager, αλλά και οι νεότεροι ανασκαφείς. Η ανεύρεση, δυτικά της κοίτης του Καιράτου και σε απόσταση 100 περίπου μέτρων από την σημερινή ακτογραμμή, έξι παράλληλων ορθογώνιων χώρων πλάτους 6 μέτρων και ορατού μήκους 21-23 μέτρων, τους οποίους ο ανασκαφέας τους ταύτισε με νεώσοικους (νεώρια), ενίσχυσε την παραπάνω αντίληψη και συνέβαλε στην επικράτηση της άποψης ότι ο Πόρος-Κατσαμπάς υπήρξε το επίνειο της Κνωσού. Μάλιστα χαρακτηρίστηκε ως σταυροδρόμι του δικτύου θαλάσσιας και χερσαίας επικοινωνίας της Κρήτης με τον ευρύτερο μεσογειακό κόσμο, λόγω της στρατηγικής του θέσης. Σύμφωνα ωστόσο με νεότερες απόψεις, τόσο η απόσταση του συγκροτήματος των λεγόμενων «νεώσοικων» από την αρχαία ακτογραμμή, που σύμφωνα με γεωλογικές μελέτες ίσως έφτανε και τα 200 μέτρα, όσο άλλα στοιχεία, προσανατολίζουν στη λειτουργία τους ως λιμενικές αποθήκες.

Τα νεότερα στοιχεία για την ύπαρξη μινωικού οικισμού και λιμένα στο Ηράκλειο αλλάζουν πλέον τα δεδομένα. Πάνω στους λόφους που πλαισίωναν τον όρμο του Ηρακλείου από τα ανατολικά και δυτικά αναπτύχθηκαν καθώς φαίνεται αντίστοιχοι οικισμοί. Στον ανατολικό οικισμό (Πόρος-Κατσαμπάς) εγκαταστάθηκαν, όπως συνάγεται από την έρευνα, εργαστήρια που φιλοτεχνούσαν τα πολύτιμα Κνώσια τέχνεργα, αλλά και κάτοικοι της πόλης που ασχολούνταν με την παραγωγή και διακίνησή τους,  ίσως και τεχνίτες για τη συντήρηση και επισκευή του στόλου. Στο δυτικό οικισμό, που έδωσε τη θέση του στο Ηράκλειο, ίσως να ήταν εγκατεστημένοι όσοι που σχετίζονταν με τη λειτουργία του εμπορικού αγκυροβολίου, ναυτικοί, έμποροι και αξιωματούχοι που επόπτευαν την κίνηση του λιμένα και των προϊόντων.

Η λειτουργία του οικισμού στον Πόρο-Κατσαμπά ήταν άμεσα εξαρτημένη από το ανάκτορο της Κνωσού και φαίνεται ότι έσβησε μαζί του. Αντίθετα, ο οικισμός στο λόφο του Ηρακλείου αποτελούσε τη φυσική προέκταση και διέξοδο της πόλης της Κνωσού προς τη θάλασσα, γι’ αυτό και επιβίωσε μαζί της αιώνες μετά την καταστροφή του ανακτόρου.