Ο επιβλητικός ναός του Αγίου Πέτρου των Δομινικανών, αφιερωμένος στον Άγιο Πέτρο Μάρτυρα της Βερόνας, είναι το μοναδικό κατάλοιπο της φημισμένης κάποτε μονής του Χάνδακα. Αν και η ύπαρξη της μοναστικής κοινότητας στο Ηράκλειο μνημονεύεται ήδη το 1228, το συγκρότημα φαίνεται να ιδρύθηκε γύρω στο 1248 και απέκτησε σύντομα τέτοια αίγλη ώστε από τον 14ο αιώνα να φιλοξενεί τις επαρχιακές συνόδους του Τάγματος. Στη μονή έδρευαν διάφορες μικρότερες αδελφότητες, που διατηρούσαν παρεκκλήσια, τάφους, σκευοφυλάκια και προσκυνητάρια.
Η σημερινή μορφή του ναού είναι αποτέλεσμα της ευρείας κλίμακας αναστήλωσης που δέχθηκε μεταξύ των ετών 2007 και 2009. Ο ναός του 13ου αιώνα ήταν μονόκλιτη ξυλόστεγη βασιλική, με ορθογώνιο πρεσβυτέριο στεγασμένο με σταυροθόλιο και προεξέχον εγκάρσιο κλίτος πλαισιωμένο από διώροφα παρεκκλήσια. Ο κυρίως ναός διευρύνθηκε μετά το σεισμό του 1303, ενώ στην πορεία δέχτηκε μετασκευές και προσθήκες παρεκκλησίων. Διέθετε πλούσιο γλυπτό διάκοσμο, θραύσματα του οποίου βρέθηκαν κατά τις ανασκαφές καθώς και τοιχογραφικό διάκοσμο βυζαντινής τεχνοτροπίας, που σώζεται ελάχιστα. Στα δάπεδα του ναού, στα παρεκκλήσια και στον αύλειο χώρο του εντοπίστηκαν πολυάριθμες ταφές, από τις οποίες προήλθαν ποικίλα αντικείμενα, μεταξύ αυτών και χάλκινο μετάλλιο με παράσταση του Θωμά Ακινάτη.