Η αντίδραση των Βυζαντινών στην κατάληψη της Κρήτης από τους Άραβες ήταν άμεση. Ωστόσο τόσο η εκστρατεία του Φωτεινού, στρατηγού του θέματος των Ανατολικών, με το Δαμιανό (γύρω στο 825 μ.Χ.), όσο και αυτή του στρατηγού του ναυτικού θέματος των Κιβυρραιωτών Κρατερού (γύρω στο 825-826 μ.Χ.) κατέληξαν σε αποτυχία. Αντίστοιχη κατάληξη είχαν οι απόπειρες του Ωορύφα, του λογοθέτη Θεόκτιστου (843 μ.Χ.), η εκστρατεία του 866 μ.Χ. επί αυτοκράτορα Μιχαήλ Γ΄, οι συγκρούσεις με τους Άραβες στο Αιγαίο κατά τη διάρκεια της βασιλείας του Βασιλείου Α΄, η εκστρατεία του Ιμέριου στις αρχές του 911 μ.Χ. και του Κωνσταντίνου Γογγύλη το 949 μ.Χ. Το Εμιράτο της Κρήτης θα είχε ασφαλώς αποτελέσει μεγαλύτερη απειλή για το Βυζάντιο αν είχε επιτύχει μια συμμαχία με τα υπόλοιπα αραβικά χαλιφάτα. Ωστόσο μάταια αναζήτησε τη συνδρομή τους ακόμη και τις παραμονές της εκστρατείας του Νικηφόρου Φωκά.

Οι αποτυχημένες προσπάθειες των Βυζαντινών για την ανάκτηση του νησιού επί ενάμισι σχεδόν αιώνα επέβαλαν έναν νέο σχεδιασμό στη διαχείριση και τον εφοδιασμό των στρατιωτικών και ναυτικών δυνάμεων της αυτοκρατορίας υπό την καθοδήγηση της κεντρικής διοίκησης. Στην επιχείρηση που οργανώθηκε επί αυτοκράτορος Ρωμανού Β΄, επικεφαλής τέθηκε ο «δομέστικος των Σχολών της Ανατολής» (αρχιστράτηγος) Νικηφόρος Φωκάς, που είχε σημειώσει πολλές νίκες κατά των Αράβων της Ανατολής. Το σχέδιό του βασίστηκε στη συγκέντρωση μεγάλου αριθμού στρατιωτικών δυνάμεων απ’ όλη την αυτοκρατορία και κυρίως μιας τεράστιας ναυτικής δύναμης, που θα εξασφάλιζε την επικοινωνία του στρατού με την κεντρική διοίκηση και τη συνεχή παροχή εφοδίων.

Ο βυζαντινός στόλος υπό τον Φωκά απέπλευσε το 960 μ.Χ. από τα Φύγελα της Μικράς Ασίας και μέσω των νησιών του Αιγαίου έφτασε στα κρητικά παράλια. Εικάζεται ότι η απόβαση έγινε στην παραλία του Αλμυρού, δυτικά του Χάνδακα, όπου τα βαριά πολεμικά πλοία σύρθηκαν στην αμμουδερή ακτή και οργανώθηκε ένα οχυρωμένο στρατόπεδο. Παράλληλα, ελαφρά πολεμικά πλοία πολιορκούσαν τις ακτές. Η κύρια δύναμη των Αράβων αποσύρθηκε εντός των τειχών του Χάνδακα. Ένα δεύτερο βυζαντινό στρατόπεδο δημιουργήθηκε στην περιοχή της Φοινικιάς, σε απόσταση περίπου 4 χιλιομέτρων από την πόλη, για τις επιθέσεις εναντίον των τειχών.

Η πολιορκία συνεχίστηκε όλο το χειμώνα του 960-961 μ.Χ. Οι πολιορκητές υπέμειναν στωικά τις κακουχίες και οι πολιορκημένοι αντιστέκονταν με πείσμα. Σύμφωνα με την γλαφυρή περιγραφή του Λέοντα Διακόνου, η τελική επίθεση των Βυζαντινών ξεκίνησε την άνοιξη του 961 μ.Χ. Η οχύρωση δεν υποχωρούσε στις πολιορκητικές μηχανές των Βυζαντινών, όμως η αρχαιότερη φάση πάνω στην οποία στηριζόταν, αποτελούμενη από μεγάλους χαλαρά συνδεδεμένους λιθόπλινθους αποτέλεσε τελικά την αχίλλειο πτέρνα της. Ο ευφυής βυζαντινός αρχιστράτηγος διέταξε να υποσκάψουν και να αφαιρέσουν τους λιθόπλινθους, προκαλώντας έτσι την κατάρρευση της ανωδομής. Οι επιτιθέμενοι εισέβαλαν στην πόλη και ακολούθησε σφαγή. Στις 7 Μαρτίου του 961 η πόλη επανήλθε στα χέρια των Βυζαντινών και ακολούθησε το υπόλοιπο νησί. Μετά την ανακατάληψη και της Κύπρου το 965 μ.Χ. η αραβική απειλή εξουδετερώθηκε και η βυζαντινή κυριαρχία εδραιώθηκε εκ νέου στο Αιγαίο και τη νοτιοανατολική Μεσόγειο.