Τα νεότερα στοιχεία για την εισβολή και η ύπαρξη πρωτοβυζαντινής οχύρωσης επιβεβαιώνουν ότι η οχυρωμένη πόλη στην οποία οι Άραβες εγκατέστησαν το διοικητικό κέντρο του νησιού, όπως αναφέρουν οι αραβικές πηγές, ήταν το Ηράκλειο. Μπορούμε να φανταστούμε ότι οι εισβολείς, κινούμενοι σταδιακά από τον νότο προς τον βορρά και κατακτώντας διαδοχικά φρούρια, όπως περιγράφουν οι πηγές, θα προσέγγισαν την τειχισμένη πόλη από τα νότια, αποκόπτοντας την τροφοδοσία από την ενδοχώρα και οδηγώντας τους κατοίκους της σε απόγνωση, ώσπου αυτοί να παραδοθούν γύρω στο 828 μ.Χ.

Το Ηράκλειο έγινε η έδρα του Εμιράτου της Κρήτης, ενός μουσουλμανικού συνοριακού κρατιδίου αντίστοιχου της Σικελίας, με αυτόνομη διοίκηση και δικό του νόμισμα, που αποδεχόταν ωστόσο την κυριαρχία των χαλίφηδων της Βαγδάτης.  Οι Ανδαλούσιοι οπαδοί του Abū Hafs, που αναγκάστηκαν να εγκαταλείψουν την Ιβηρική χερσόνησο μετά την εξέγερσή τους ενάντια στην σκληρή μεταχείριση του εμίρη της Ανδαλουσίας al-Hakam, είχαν αστική κυρίως καταγωγή. Έτσι δεν φαίνεται να έδειξαν ενδιαφέρον για τη γεωργία και την κτηνοτροφία, κύρια ενασχόληση των ντόπιων κατοίκων, παρά μόνο ίσως από φορολογική άποψη. Οι περισσότεροι εγκαταστάθηκαν στα μεγάλα αστικά κέντρα και ιδίως στο Ηράκλειο, που έλαβε το όνομα Rabd el-Khandaq, το Φρούριο με την Τάφρο, ή Χάνδαξ για τους Βυζαντινούς. Εκεί σύμφωνα με τις Βυζαντινές πηγές έφτιαξαν όμορφα σπίτια μέσα σε κήπους με φρουτόδεντρα και κρήνες, έγιναν ικανοί τεχνίτες και ανέπτυξαν έντονο εμπόριο προϊόντων και τέχνεργων τόσο με την Αίγυπτο, την Ανδαλουσία και τις άλλες ισλαμικές χώρες, ενώ δεν έλειπαν οι διανοούμενοι. Πιθανότατα συμβιούσαν ειρηνικά με το ντόπιο στοιχείο, αφού δεν υπάρχουν αναφορές για σφαγές ή βίαιους εξισλαμισμούς. Ο κατάλογος λαφύρων που συνέταξε ο Νικηφόρος Φωκάς μετά την ανάκτηση της πόλης αντανακλά τον πλούτο της: πολύτιμα χαλιά, χρυσά όπλα και αντικείμενα εξαιρετικής τέχνης.

Οι Εμίρηδες της Κρήτης προσπάθησαν να επεκτείνουν την κυριαρχία τους στο Αιγαίο με συνεχείς επιθέσεις, στη διάρκεια των οποίων κάποια νησιά καταλήφθηκαν και υποχρεώθηκαν σε καταβολή φόρων, ενώ άλλα ερημώθηκαν. Απώτερος στόχος των επιθέσεων φαίνεται να ήταν η ίδια η Κωνσταντινούπολη και ο έλεγχος των εμπορικών δρόμων του Αιγαίου. Έτσι για τους Βυζαντινούς η ανακατάληψη της Κρήτης η διάλυση του Εμιράτου έγινε ζήτημα επιβίωσης.